Berdirinya Kopontren Al Munawwir dilatarbelakangi adanya desakan kebutuhan para santri dalam memenuhi kebutuhan sehari-hari. Disisi lain juga adanya keinginan santri terhadap lahirnya suatu penanganan dan pengelolaan potensi ekonomi santri di Pondok Pesantren Al-Munawwir Krapyak Yogyakarta. Pada masa awal usaha kopontren Al-Munawwir hanya melakukan penjualan kertas surat dan amplop yang berkop pon
dok pesantren Al-Munawwir, kitab-kitab, dan makanan ringan. Perkembangan kopontren mulai terlihat mendapat tempat di hati santri ketika mereka sadar bahwa kegiatan pengelolaan koperasi di lingkup pondok pesantren sesuatu yang sangat berguna. Sebab dengan kegiatan seperti ini ternyata dapat dijadikan sebagai wahana berlatih bagi para santri dalam berorganisasi dan berbisnis. Dan itu di wujudkan dengan seminar-seminar ekonomi bagi santri. Pada akhirnya kegiatan usaha yang semula ditangani oleh sebagian santri tersebut, memunculkan perhatian yang serius, baik dari pengasuh, pengurus dan juga para santri pada umumnya dan pada akhirnya memperoleh kepercayaan pemerintah dengan diberikanya badan hukum dengan nomor 1753/BH/XI tertanggal 23 September 1994.Dapat disebutkan disini mereka yang merintis Kopontren Al-Munawwir sampai berbadan hukum adalah Drs. Faishol, Drs Zainul Muhibbin, Drs Muhtarom Ahmad, Drs Jumari, Drs M. Murtaqi Barra yang kesemuanya adalah santri Al Munawwir.
